Mengintip Proses Analisis DNA
di Eijkman Institute
TEMPO.CO, Jakarta - Tak hanya strukturnya yang rumit, tapi untuk membaca DNA (Deoxyribonucleic acid) juga butuh proses yang cukup kompleks. "Terlebih jika sampel DNA rusak," kata Deputi Direktur Bidang Fundamental Riset Eijkman Institute for Molecular Biology, Herawati Sudoyo, di kantornya, Jalan Diponegoro, Jakarta Pusat, Kamis, 26 Maret 2015.
Untuk kepentingan analisis DNA, Eijkman Institute of Molecular Biology setidaknya memiliki empat ruang kerja. Yakni, ruang ekstrasi DNA, Polymerase Chain Reaction (PCR), visualisasi DNA, dan pemetaan genom. Keempat ruang kerja ini digunakan secara berurutan saat menganalisis DNA.
Cawan petri, tabung darah, dan kotak kaca tempat mengekstraksi DNA sudah menunggu di ruang kerja pertama. Menggunakan kemeja putih khas dokter dan sarung tangan karet berwarna ungu, Lidwina Priliana, asisten peneliti di Eijkman Institute, terlihat baru selesai menyaring sel darah putih, di ruangan itu.
"Ini bentuk asli DNA," ujar dia, seraya menunjukkan benda seperti kain putih tipis yang berada di tabung kecil transparan berisi cairan bening, kepada para jurnalis yang sedang melakukan trip ke Eijkman. Kain tersebut merupakan hasil pecahan sel darah putih yang baru selesai ia kerjakan.
Lidwina mengatakan, hanya perlu sampel darah sebanyak 1-2 mililiter untuk mengekstraksi DNA manusia. Sel darah putih itu dipecah, kemudian intinya dibelah agar DNA keluar. DNA, kata dia, berada di dalam inti sel darah putih.
Tak hanya darah, Lidwina mengatakan, semua bagian tubuh manusia, asal tidak rusak, memiliki DNA. Namun, menurut dia, tak semua DNA dapat dilihat dengan kasat mata seperti DNA di genggamannya. "Perlu DNA yang banyak dapat terlihat seperti benang," ujar Lidwina.
Jika diterawang melalui mikroskop, bentuk DNA tersebut berpilin-pilin dengan dua sisi, seperti benang yang dikepang. Bentuk berpilin ini disebut double helix.
Dari ruangan tersebut, kami bergerak ke ruang kerja PCR. Di ruangan ini, para peneliti mendokumentasikan dan menggandakan DNA yang sudah diekstraksi sebelumnya. Penggandaan DNA menggunakan serentet alat. Yakni, mesin PCR. "Mesin ini memiliki beberapa rentetan kerja yang disebut termocycle," ujar Bertha Letizia, asisten peneliti di Eijkman Institute.
Proses pertama ialah DNA-turasi. Proses yang dilakukan pada suhu 90-95 derajat celcius ini ialah proses pelepasan untai DNA. "Dari ganda menjadi tunggal," kata Bertha. Kemudian untai tunggal DNA tersebut diberi primer dan diperbanyak pada suhu 40-60 derajat celcius. Proses ini, menurut Berta, disebut annealing DNA.
Proses terakhir ialah elongasi, proses pemanjangan dan pembentukan DNA baru. Biasanya proses ini dikerjakan pada suhu 72 derajat celcius.
"Semua siklus biasanya berlangsung selama 1,5 menit," kata Bertha. Tapi, durasi tersebut dilakukan berulang kali karena DNA harus digandakan sebanyak ratusan, bahkan ribuan kali, sesuai target jumlah target DNA peneliti.
DNA yang sudah digandakan kemudian dibawa ke ruang kerja visualisasi DNA. Siapapun harus berhati-hati jika ingin masuk ke ruangan ini. Sebab, menurut Sinta Hamidatus Sai'dah yang juga asisten peneliti di Eijkman, di ruangan ini DNA mudah terkontaminasi karena DNA tak diberi pelindung.
Dia memperingatkan, "Jangan menyentuh alat apapun, jangan bersandar di manapun. Berdiri saja." DNA, Sinta mengatakan, memang rentan terkontaminasi. Sekali saja terkontaminasi, hasil analisis akan jauh dari harapan. DNA akan mengalami mutasi gen.
Di ruang visualisasi, Sinta melihat DNA yang sudah digandakan menggunakan alat bernama ETBR (Ethidium-bromide), semacam cairan penghasil cahaya. ETBR ini dioleskan ke DNA di dalam sebuah kotak reaksi. Jika penggandaan DNA berhasil, maka molekul inti manusia itu akan terlihat.
Terakhir adalah proses sequencing DNA, atau pemetaan tipe gen DNA. Di ruang ini para peneliti melihat kecocokan DNA satu dengan DNA lainnya setelah menjalani tiga proses sebelumnya.
Semua rangkaian proses analisis DNA tersebut biasanya bisa dikerjakan hanya dalam waktu 8 jam saja. "Jika sampel yang kami dapat bagus," kata Iskandar, peneliti di DNA Forensik Eijkman. Tapi, jangan harap analisis akan selesai dalam sekejap jika sampel yang akan dianalisis berasal dari zaman lampau, seperti pekerjaan para pakar paleoarkeologi. "Pekerjaan itu bisa memakan waktu satu pekan," kata Iskandar.
AMRI MAHBUB
Sumber:
http://tekno.tempo.co/read/news/2015/03/26/095653259/Mengintip-Proses-Analisis-DNA-di-Eijkman-Institute
No comments:
Post a Comment